개정된 규칙에 따르면, 의약품 품목 허가를 받은 자, 수입자, 의약품 도매상은 냉장 및 냉동 보관이 필요한 의약품을 운송할 때 자동온도기록 장치를 갖추고 의약품 운송 기록에 온도를 포함해야 한다. 이를 위반한 경우에 대한 행정처분 기준도 마련했다. 1차 위반시 해당품목 판매업무정지 3개월, 2차엔 6개월, 3차 땐 허가가 취소된다.
의약품 공급자가 전산으로 의약품 공급내역을 보고하면 의약품 입출고에 관해 별도로 기록과 보관을 하지 않아도 된다.
완제의약품 허가를 신청하는 경우 사전에 원료의약품 등록 시 제출한 자료는 제출을 면제한다. 다만 나머지 자료는 제출해야 한다. 우선심사 대상 의약품은 '중증·희귀질환 치료제 중 대체 가능한 의약품이 없거나 안전성·유효성이 현저히 개선된 의약품'으로 명시하고, 특별한 사정이 없으면 이를 90일 이내에 심사한다.
이외에 의약외품 분야에 제조·품질관리기준(GMP)을 도입해 이를 준수하는 경우 '적합판정서'를 발급한다. 완제의약품 품목허가 이후 허가를 받은 자의 의견을 들어 허가일로부터 180일 이내에 해당 허가심사·검토 결과를 공개한다.